IllustratorにPhotoshopで作った画像をレイアウトするときは、「埋め込み」ではなく「リンク」を使用して下さい。画像を配置するときは「ファイル→配置」のときに「リンク」のチェックボックスがチェックされていることをご確認下さい。
また、配置するPhotoshopの画像データ形式は必ずPhotoshop EPSにし、かつCMYKのデータにして下さい。もしRGBデータが混じっていると、出力されないかグレースケールデータとして出力されることがあります。
同様にIllustratorで作成したオブジェクトも全てプロセスカラーのCMYKで着色して下さい。RGBやスポットカラーを使用した場合は最後に全オブジェクトを選択、「フィルタ→カラー→CMYKに変換」を適用して下さい。

透明機能を使う際の注意点 ※Illustrator9.0以降に追加された透明機能を使用している場合、画像をリンクにしていると出力に反映されなくなってしまいます。透明機能を使っている場合は、画像を配置ではなく埋込みにして下さい。 ●配置画像に透明効果を適用したオブジェクトが重なっている場合 ●配置画像にクリッピングパスが適用されている場合 クリッピングパスを適用した画像を配置する場合はEPSではなくPSDの画像を埋込むようにして下さい。 ※Illustrator9.0で透明機能を使用する場合、「書類設定→透明」で選択できる、ラスタライズ/ベクトル設定を「最高画質(一番右)」にするようにして下さい。(Illustrator10.0では標準でこの設定になっています)

2.トンボについて

Illustrator上でトンボを付けるときは、「オブジェクト→トンボ」ではなく「フィルタ→クリエイト→トリムマーク」を使用して下さい。
「オブジェクト→トンボ」は出力時に画像を切り抜くためのもので、一般的な意味でのトンボはトリムマークのほうを指します。
トリムマークを適用するときは、長方形ツールで仕上がりサイズを入力し（B5なら182×257、A5なら148×210、断ち切り分を含んだサイズではありません）その長方形に対してトリムマークを適用してトンボを作成します。 また、フルカラーで印刷するデータならトンボも4色の版全てに付いていなくてはいけません。トリムマークを使えば自動的にCMYK4版（レジストレ−ション）にトンボが作成されます。
また、フルカラーで印刷するデータならトンボも4色の版全てに付いていなくてはいけません。Illustrator8.0はトリムマークを使えば自動的にCMYK全版にトンボが作成されますが(レジストレーション)7.0までのIllustratorを使用している場合はトリムマークを選択し、線の色をCMYK全て100%にして下さい。

3.トラップについて

Illustratorで作ったオブジェクトは、重なっている部分は基本的にケヌキ合わせになります。 ケヌキでは印刷時にわずかでもズレると白い部分が見えてしまうので、これを防ぐためにトラップを使用します。 トラップは2色以上の色が重なる部分で版がずれて白が出ることを防ぐため、隣合った色を太らせて重ねる技術です。